Метамерность мускулатуры проявляется в размещении мышц, соединяющих рядом расположенные позвонки (musculus longissimus dorsi, m. transversospinalis, m. iliocostalis), и отчасти в мускулатуре брюшной стенки (m. rectus). Эпаксиальная (надосевая) мускулатура у черепах в туловище редуцирована полностью, а гипаксиальная (подосевая) частично сохраняется. Поперечная мышца окружает внутренности и способна сжимать их (в том числе легкие, вызывая выдох). Наружная косая мышца образует вогнутую стенку в паховой области панциря, при сокращении она уплощается, способствуя вздоху. Прямая мышца живота (m. rectus abdominis) широким веером соединяет лобковую кость с пластроном, осуществляя мягкое крепление таза. На черепе у рептилий в височных ямках развивается мощная жевательная мускулатура, приводящая в движение челюсти. Это в первую очередь опускатель нижней челюсти (m. depressor mandibulae). Появление подвижного шейного отдела сопровождалось развитием шейной мускулатуры (m. trapezius). У большинства рептилий, в связи с аутостилией и неподвижным прикреплением верхнего отдела челюстной дуги к черепу, редуцировалась мышца, поднимаюшая небноквадратный хрящ. Эта мышца сохраняется только у стрептостильных черепах, ящериц и змей в виде m. levator pterygoidei. Подъязычная мышца дифференцирована на грудинно-подъязычную (m. sternohyoideus) и подбородочно-подъязычную (m. Geniohyo­ideus). Переднее продолжение внутренней косой мышцы живота образует лопаточно-подъязычный мускул (m. omohyoideus). Язык армирован вентральными частями гиодной дуги. Лентовидные мышцы туловищной мускулатуры участвуют в изгибании тела и движении конечностей. У рептилий, впервые среди позвоночных, появляется межреберная мускулатура (m. intercostales, m. obliquus internus), играющая важную роль в механизме дыхания.