Система отряда. Отряд включает два современных подотряда: Pleurodira и Cryptodira. Известно13 рецентных семейств (Gaffney, 1975, 1979; Кэрролл, 1992; Zugetal., 2001), из которых только 2 семейства (Гаффни [Gaffney, 1975] считает их монофилетической группой) освоили морскую среду. Черепахи известны с верхнего триаса (Кэрролл, 1992). В этой работе я принимаю систему Гаффни (Gaffney, 1975, 1979) и Кэрролла (1992).

Система современных черепах до уровня семейств

Отряд Testudines Batsch, 1788

     Подотряд Pleurodira Cope, 1865

          Семейство Pelomedusidae Cope, 1868 – Пеломедузовые черепахи

          Семейство Chelidae Gray, 1831 – Змеиношейные черепахи

     Подотряд Cryptodira Cope, 1868

       Надсемейство Chelonioidea Gray, 1825

           Семейство Dermochelyidae Gray, 1825 – Кожистые черепахи

          Семейство Cheloniidae Gray, 1825 – Морские черепахи

      Надсемейство Trionychoidea Gray, 1825

           Семейство Trionychidae Gray, 1825 – Трехкоготные черепахи

           Семейство Kinosternidae Aggasitz, 1857 – Иловые черепахи

          Семейство Carettochelyidae Boulenger, 1887 – Двухкоготные черепахи

          Семейство Dermatemydidae Gray, 1848 – Мексиканские черепахи

       Надсемейство Testudinoidea Gray, 1825

          Семейство Testudinidae Gray, 1825 – Сухопутные черепахи

          Семейство Emydidae Bell, 1825 – Американские пресноводные черепахи

          Семейство Chelydridae Swainson, 1839 – Каймановые черепахи

         Семейство Geomydidae Theobald, 1868 – Азиатские пресноводные черепахи

         Семейство Platysternidae Gray, 1869 – Большеголовые черепахи