В эпидермисе рептилий различается несколько слоев – ростковый (stratum germinativum, самый глубокий), зернистый (s. granulosum), блестящий (s. lucidum), промежуточный (s. intermedium, слой линьки) и роговой (s. corneum). Слой линьки может отсутствовать (черепахи, крокодилы), и тогда роговой слой периодически не сбрасывается и пожизненно накапливается. Хотя и принято говорить о характерном для рептилий покрове из роговых чешуй, однако при этом следует иметь в виду, что у ящериц и змей он состоит не только из рогового слоя и эпидермиса, но также и кориума. Кориум образован слоями коллагеновых волокон; нередко имеются остеодермы (у черепах, крокодилов и многих ящериц). Остеодермы являются вторичными кожными окостенениями. Считается, что брюшные ребра гаттерии и крокодилов, как и стегоцефалов, – производные чешуй рыбообразных предков (Дзержинский, 1998).

У рептилий кожа почти лишена желез. В виде исключения у них встречаются лишь отдельные крупные железы, несущие особые функции. Так, у крокодилов имеется пара мускусных желез по бокам нижней челюсти. У черепах подобные железы расположены на месте соединения пластрона и карапакса. Кожные железы секретируют жирный или сухой материал; желез, выделяющих водные растворы, у пресмыкающихся нет. У рептилий утолщение рогового слоя происходит небольшими участками, между которыми он остается более тонким, благодаря чему сохраняется подвижность животного. Таким образом, развиваются чешуи в виде бугорков. Черепицеобразные чешуи, налегающие каждая своим задним краем на соседнюю, характерны для ящериц и змей (надотряд Squamata). Иногда чешуи преобразуются в шипы и различного рода сложные выросты. На неподвижных частях тела, например на голове у всех рептилий, а также на спинном и брюшном щите черепах, развиваются более крупные плоские роговые пластинки – щитки. Под чешуями иногда располагаются соответствующие им окостенения в мезодермальной части кожи; такие костные пластинки наблюдаются иногда у ящериц (гекконы и особенно сцинки) и очень хорошо развиты у черепах (щиты) и крокодилов. У ряда семейств ящериц имеются бедренные поры (pori femoralis), располагающиеся на нижней поверхности бедра. Каждая пора представлена ямкой или трубковидным образованием, из которого высовывается бугорок ороговевших клеток. Если ряд бедренных пор уменьшается до 1–2, то их называют паховыми (p. inguinales). Число и вид пор специфичны, различаясь у самцов и самок.