Ротовая полость (cavumoris) заметно отграничена от глотки (pharynx). У черепах и крокодилов носоглоточные ходы (cavum nasopharyngeum) отделены от ротовой полости вторичным костным небом. На дне ротовой полости располагается подвижный мускулистый язык (lingua), который у змей и ящериц способен высовываться далеко за пределы рта. Форма языка связана с характером пищи и способом ее добывания. У змей и многих ящериц он тонкий и вильчатый на вершине. Скелет языка представлен подъязычным аппаратом, его непарная часть – тело (basihyale) имеет длинный отросток (entoglossum).
Пищевод (oesophagus) выстлан довольно мощным многослойным эпителием, на внутренней поверхности которого, как правило, имеются складки, делающие пищевод растяжимым. У многих рептилий (кроме черепах) эпителий пищевода ресничный, но обычно транспортировка пищи осуществляется посредством перистальтических движений, и имеется мощная висцеральная мышечная оболочка. Желудок (gaster s. ventriculus) хорошо выражен, имеет вид плавно изогнутой трубки и снабжен сильной мускулатурой. Его диаметр лишь немного превышает диаметр других частей кишечной трубки. Между желудком и кишечником (intestinum) обычно отчетливо выражен пилорус (pylorus) – сужение пищеварительной трубки, которое контролирует вход в кишечник и обычно снабжено сфинктером. У крокодилов пилорус увеличен и приобрел способность к механической обработке пищи. В брыжейке (mesenterium) около конца желудка подвешена маленькая селезенка (splen). На границе между тонким (intestinum tenuis) и толстым (colon= intestinum crassius) отделами кишечника расположен зачаток слепой кишки (coecum) в виде выпячивания стенки, обращенной медиально и обычно дорсально. В конце тонкой кишки размещена подвздошно-слепокишечная заслонка (valvula ileocecalis). Задняя кишка (rectum) отграничена от средней (mesointestinum) складкой слизистой оболочки (клапан). Длина кишечника зависит от характера пищи: у растительноядных видов он длиннее, чем у плотоядных, и заканчивается клоакой (cloaca). Поджелудочная железа (pancreas) расположена в первой петле кишечника. Печень (hepar) имеет желчный пузырь (vesica fellea), проток которого (ductus choledochus) впадает в кишечник вблизи протока поджелудочной железы (ductus pancreatici).