Пресмыкающиеся, птицы и млекопитающие составляют единую группу Amniota, отличающуюся от земноводных способом размножения, не зависящим от водной среды. Предполагается, что амниоты, по-видимому, составляют монофилетическую группу, произошедшую от одной из ветвей примитивных четвероногих в раннем карбоне. Известно, что группы, традиционно объединяемые в класс пресмыкающиеся, с филогенетической точки зрения неоднородны. У крокодилов гораздо более поздние общие предки с птицами, чем с черепахами или лепидозаврами (Антипчук, 1977). Предков млекопитающих обычно относят к пресмыкающимся, однако филогенетически они ближе к самим млекопитающим, чем к любому из современных подклассов рептилий. Исходя из этого, выделяют две группы амниот: млекопитающие вместе с их предками (Synapsida), с одной стороны, и все остальные – с другой. Последних, в свою очередь, также можно отнести к двум группам: это черепахи вместе со своими непосредственными предками (Anapsida), и линия, давшая начало лепидозаврам, крокодилам и птицам (Кэрролл, 1992, 1993). Термином “пресмыкающиеся” можно неформально обозначать черепах, крокодилов и лепидозавров,но указать точные границы класса Reptilia, за исключением, что это все амниоты, кроме птиц и млекопитающих, нельзя.

В последнее время Reptilia иногда рассматривают как монофилетическую группу, включающую всех амниот, за исключением Synapsida и их предков. При этом в составе рептилий выделяются две группы – Anapsida и Romeriida (включает диапсидных рептилий, а также птиц) (Gauthieretal., 1988).