Половые железы самцов лежат в полости тела по бокам позвоночника. К семенникам (testis) примыкают придатки (остатки мезонефроса). Семенники обычно подвешены на особой брыжейке (mesorchium). Канальцы семенников (vasa efferentia) входят в лежащие рядом с ними извитые придатки (epididymis) Вольфова канала (ductus Wolfi), служащего у самцов рептилий семяпроводом (vas deferens). Парные семяпроводы (ductus deferens) выводят мочевую кислоту в клоаку. Все рептилии (исключая гаттерию) имеют совокупительные органы. У самцов ящериц и змей это парные выросты задней стенки клоаки из кавернозной ткани, часто снабженные шипами и губообразными впадинами (hemipenis), которые в период возбуждения выворачиваются наружу, а в состоянии покоя занимают специальные вместилища в толще мышц основания хвоста. У крокодилов и черепах копулятивный орган непарный (penis). Он образован кавернозной тканью и раздувается от переполнения кровью; посредине в нем имеется желобок для спермы, попадающей в него из семяпроводов. У них по вентральной стенке клоаки проходит пара продольных гребней, между которыми располагается канавка. Это – пещеристые тела полового органа (corpora cavernosa penis), образованные губчатой соединительной тканью. У выходного конца канавки расположена еще одна пещеристая структура – головка полового органа (glans penis). При половом возбуждении пещеристые тела, наполняясь кровью, раздуваются, в результате чего головка высовывается из клоаки самца наружу и может быть введена в клоаку самки, а собственно пещеристые тела, расширившись, смыкаются краями, превращая канавку между ними в трубку для проведения спермы.

У самок парные гроздевидные яичники (ovarium), подвешенные на особой брыжейке (mesovarium)). Яйцеводы (Мюллеровы каналы, ducti Muelleri), имеющие вид тонкостенной трубки, открываются воронками в полость тела, а другим концом – в клоаку. В среднем отделе яйцевода имеется железа, выделяющая белковую оболочку яйца. В нижнем отделе яйцевода находятся железы, формирующие пергаментообразную оболочку яйца у ящериц (кроме большинства гекконов), змей и морских черепах; у большинства гекконов, сухопутных черепах и крокодилов – известковая оболочка яиц. Яйца меробластические, в онтогенезе формируется амнион и аллантоис.

Рептилии, как правило, яйцекладущие или яйцеживородящие. Ряд видов сцинковых ящериц может быть отнесен к настоящим живородящим позвоночным, так как у них развивающийся зародыш получает питание через кровеносные сосуды в стенках яйцеводов.