Класс Reptilia в традиционном понимании – парафилетическая группа, в составе которой обычно выделяют следующие современные подклассы и отряды: подкласс Chelonia (черепахообразные) с единственным рецентным отрядом Testudines (черепахи); подкласс Lepidosauria (лепидозавры) с рецентными отрядами Sauria (= Lacertilia) – ящерицы, Serpentes (= Ophidia) – змеи и Rhynchocephalia – клювоголовые; подкласс Archosauria – архозавры с единственным рецентным отрядом Crocodilia (крокодилы) (Zugetal., 2001; Meyer, Zardoya, 2003). Ряд герпетологов рассматривает амфисбен (Amphisbaenia) как отдельный отряд лепидозавров (Bedriaga, 1884; Zangerl, 1944; Gans, 1978).

Некоторые авторы объединяют черепах вместе с представителями вымершего отряда Cotylosauria (котилозавры) в ранге подкласса Anapsida (Даревский, Орлов, 1988; Ромер, Парсонс, 1992; и др.). Тем не менее отнесение черепах к анапсидам спорно, поскольку их предки могли обособиться от примитивных капториноморф (Captorhinomorpha) позже синапсид или диапсид. К тому же их общее строение и образ жизни столь отличаются от присущих ранним анапсидам, что логичнее считать их отдельным подклассом (Siebenrock, 1897; Суханов, 1964; Gaffney, 1979; Кэрролл, 1992). Ивахненко (1984) объединяет большинство групп котилозавров, исключая капториноморф в узком смысле слова, с сеймуриаморфами (Seymouriamorpha) и черепахами в особый класс Parareptilia, параллельный настоящим рептилиям.