Механические раздражения воспринимаются осязательными «волосками», расположенными на чешуйках и связанными с осязательными пятнами – скоплениями чувствующих клеток, лежащих под эпидермисом. Очень высокая чувствительность органов обоняния. Серединная часть носового хода делится на нижний, дыхательный, и верхний, собственно обонятельный, отделы. В начале хода располагается преддверие, а его задний отдел, открывающийся в глотку, представляет собой носоглоточный ход (ductus nasopharyngeus). Специализированный Якобсонов (вомероназальный) орган (organum vomeronasale s. Jacobsonii) имеет вид извитой и слепо заканчивающейся полости, которая отходит от крыши ротовой полости. Он служит для восприятия запахов пищи, уже находящейся во рту, хорошо развит у ящериц и змей, но отсутствует у крокодилов.

Глаза снабжены подвижными веками. Имеется также мигательная перепонка, закрывающая глаз из его переднего угла. У змей и некоторых ящериц (Gekkota) верхнее и нижнее веко сращены и прозрачны. Пресмыкающиеся обладают цветным зрением.

Орган слуха включает внутреннее и среднее ухо. В среднем ухе имеется единственная косточка – стремя. Перепончатый лабиринт дифференцирован, в нем обособлен зачаток улитки (cochlea) в виде мешкообразного выступа. У большинства змей и гаттерии стремя связано с ушным отростком небноквадратного хряща (чаще всего он занят квадратной костью). Через этот хрящ стремя воспринимает сотрясение грунта (сейсмический слух). У ящериц и крокодилов намечается наружный слуховой проход. У гаттерии стремя примерно такое же, как у ящериц, но барабанная перепонка (замещенная частично фиброзной тканью) и полость среднего уха отсутствуют. Стремя у гаттерии остается хрящевым и непосредственно слитым с рожками гиоида. По-видимому, утрата гаттерией полости среднего уха и барабанной перепонки, как и у многих роющих ящериц, является специализацией. У некоторых змей на верхнегубных и нижнегубных щитках (Boidae) или между глазом и ноздрей (подсемейство Crotalinae семейства Viperidae) имеются ямки, иннервируемые ветвями тройничного нерва (nervus trigeminus proprius). Они воспринимают тепловые излучения, исходящие от теплокровных животных (эти органы способны различить разницу температуры в 0,001°C на расстоянии 1–2 м).