Вход в дыхательную систему образован срединным отверстием в дне `глотки – гортанной щелью (glottis). Гортань (larynx) поддерживается непарным перстневидным (cartilago cricoidea) и парным черпаловидным (cartilagines arytenoideae) хрящами. От гортани отходит длинная трахея (trachea), которая делится на два бронха (bronchi principales), идущих в легкие (pulmo). У гаттерий, змей и многих ящериц легкие мешковидной формы, их внутренняя стенка подразделена на альвеолярные кармашки (alveoli). Примитивные змеи (Scolecophidia и Boidea) имеют два легких, из которых менее развито левое. У змей из эволюционно продвинутых групп только одно, правое легкое. Передний конец развитого легкого функционирует как дыхательная часть, а задний гладкостенный отдел представляет собой лишь вместилище воздуха. Развита система обширных внутренних полостей, обеспечивающих свободное перемещение воздуха внутри легкого. Эти полости могут выходить за пределы основного контура легкого, образуя легочные мешки (например, у Chameleonoes и Gekkota). У некоторых змей (в частности, морских) видоизмененна часть задней стенки трахеи (трахеальное легкое): она расширяется мешкообразно, имеет губчатое строение и служит дополнительным местом газообмена. У рептилий развито реберное, всасывательное дыхание. У большинства из них воздух втягивается в легкие и выталкивается обратно путем расширения и сужения грудной клетки, обусловленного движением ребер и межреберной мускулатуры. Последняя приводит в движение ребра. У черепах ребра неподвижны, и дыхание осуществляется за счет поперечной и косой мышц.