Органы выделения представлены метанефросами, или тазовыми почками (metanephros). Они формируются позади зачатков мезонефросов, или туловищных почек (mesonephros). Последние являются зародышевыми органами выделения и функционируют до выхода детенышей из яйца. После образования метанефросов мезонефросы у самок полностью, а у самцов частично редуцируются. У последних передние их части сохраняются, превратившись в придаток семенника (ductus epididymidis). Нефростомов нет. Почка рептилий часто выглядит снаружи мелкозернистой, поскольку состоит из множества мелких долек. При развитии тазовой почки от Вольфова канала (ductus Wolfi) отделяется канал, соединяющийся с выделительными трубочками новой почки. Так формируется мочеточник (ureter). Левый и правый мочеточники впадают со спинной стороны в клоаку. Каждый мочеточник распадается на множество длинных ветвей, в которые впадают группы собирательных трубочек; каждая ветвь мочеточника является центром формирования дольки. У змей, крокодилов и некоторых ящериц мочевой пузырь (vesica urinaria) отсутствует; у остальных рептилий он формируется из основания аллантоиса как отдельный вентральный карман клоаки, не соединенный с мочеточниками (исключение – черепахи). Существует мнение, что у черепах и гаттерии обратное всасывание воды его стенками имеет большое значение для предотвращения высыхания.