Череп (cranium) тропибазального типа, глазницы разделены тонкой межглазничной перегородкой (septum interorbitale); последняя обычно не окостеневает, оставаясь хрящевой или перепончатой. Окостенение черепа почти полное, за исключением обонятельного отдела, представленного значительной массой хряща. Cлуховая косточка (columella auris = stapes) одна. Полость среднего уха соединена с внутренним ухом кроме овального окна (fenestra ovalis) еще и посредством небольшого, затянутого перепонкой круглого окна (f. rotunda). В затылочной области, вокруг затылочного отверстия (f. occipitale magnum), расположены четыре кости: основная затылочная (basioccipitale), две боковые затылочные (exoccipitalia) и верхняя затылочная (supraoccipitale). Первые три принимают участие в образовании затылочного мыщелка (condylus occipitalis); он обычно одинарный, реже трехраздельный. В области слуховой капсулы располагаются три ушные кости (otici). Передняя ушная кость (prooticum) окостеневшая, верхняя (epioticum) и задняя (opisthoticum = parooccipitale) образуют стенки слуховой капсулы. Из них вторая срастается с верхней затылочной костью, а третья (у большинства рептилий) – с боковой затылочной. По бокам слуховая капсула дает сильно выдающиеся боковые отростки (processi parotici), в которых располагается задняя ушная кость.
В основании черепа (рис. I; рис. II, 1, 2), впереди основной затылочной кости находится базисфеноид (basisphenoideum) с двумя боковыми отростками (prosessi basipterygoidei), к которым причленяются крыловидные кости (pterygoideum). Крышу черепа впереди образуют предчелюстная (praemaxillare = intermaxillare) и верхнечелюстные кости (maxillare). С ними сверху соединяются носовые кости (nasale). На стыке этих костей обычно располагаются ноздри. У морских черепах носовые кости отсутствуют. У некоторых рептилий (например, у ящериц) в полости ноздрей имеется еще и небольшая покровная кость (septomaxillare), выходящая иногда на поверхность черепа. В образовании глазниц сверху и с боков принимают участие слезные (lacrimale), предлобные (praefrontale), лобные (frontale), заднелобные (postfrontale) и заглазничные (postorbitale) кости. У ящериц, змей и крокодилов также развиты надглазничные кости (supraorbitale). В задней части черепа вверху располагаются теменные (parietale) кости, позади которых имеются заднетеменные (postparietalia) и таблитчатые (tabulare) кости. Теменные кости у многих пресмыкающихся несут теменное отверстие (foramen parietale) на соединительном шве между костями. Височные впадины (fossae temporales) отсутствуют у черепах, но присутствуют у крокодилов (две) и ящериц (одна). У змей, в связи с подвижностью костей черепа, височные впадины редуцируются.